【体験談】夏休みインターンで遺伝子情報をゴリゴリプログラミングするぞ!

こんにちは、広報担当の山本です!

アメリエフではインターン生を募集しています!お蔭様でこれまで、たくさんの学生さんがインターンに参加してくださっています。そこで今回は、アメリエフでのインターン体験談をお届けします。インターンをお考えの方のご参考になりますと幸いです。

トロント大学教養学部生命科学(University of Toronto, Faculty of Arts and Science, Life science) 平井 奏太朗

夏休みにバイオインフォマティクスの第一歩を企業で学びたい

CTO三澤:平井くんは、ゲノム医療事業部に所属しながら、1ヶ月半いろんな仕事をこなしてくれたね。メンターは僕、技術的な指導は堀口さんから受けながら働いたよね。アメリエフのインターンに応募してくれた理由はなにかな?

平井:今はカナダの大学に通っていて、これから大学でバイオインフォマティクスを学んでいくにあたり、どういうプログラムを使うかなど、遺伝子解析のスキルアップを目的にインターンを考えていました。
夏季休暇中日本に帰ってくるので、バイオインフォマティクスに絞ってインターンシップを探しました。ほとんどバイオインフォマティクス関連のインターンシップはない中で、wantedlyで見つけたアメリエフに決めました。

堀口:インターンを通してできるようになりたかったことはなんですか?

平井:バイオインフォマティクスに関するコーディングを上達させたかったです。

堀口:実際どうですか?

平井:結構できるようになってきました。遺伝子変異データのテキストをPythonで処理する方法が、身につきました。具体的には、アノテーション付け、ランキング、フィルターをかける方法です。知識としても、アノテーションにはどのような項目があるか、注目するべき重要な変異はどれなのか、どのパッケージを利用すれば簡単に進められるかを、知ることができました。

プログラミング技術はもちろん、それ以外に身についたこと

堀口:パッケージでは処理しにくい部分のアルゴリズムを書いてもらったこともあったね。平井くんが目標にしていたコーディング以外にも、結構幅広くお仕事してもらったと思います。例えば、ウェブスクレイピングとか、ACMG(米国臨床遺伝学会)の論文調査と、実際その論文の手法を再現してどんな結果になるか検討する仕事とかに、チャレンジしてもらったね。

堀口:どれが一番面白かった?

平井:意外と、ウェブスクレイピングが面白かったです。今までウェブ系のことはしたことがなかったので、新鮮でした。

堀口:まずは、ゴリゴリのプログラミング作業をしたよね。次に、実際にバイオデータをもとにウェブスクレイピングして結果を見たりすることで、「バイオ」と「インフォ」がつながる醍醐味を味わってもらえたと思います。逆に、難しかったところはどこだった?

平井:論文がかなり難しかったです。理解すること、訳すことにも、苦戦しました。あとは、論文の元となったデータが公開されていて、そのファイルの中身をソーティングしたのですが、それに結構時間がかかってしまいました。大学の授業でソーティングを習ったときに、「今後使うことはないだろうな」と思ってましたが、実際に使う場面があったのが面白かったです。

堀口:こういう風に使うんだ、ってことがわかったんだね。今後インターンの経験をどのように活かせそう?

平井:これから3年生になり研究室に入りますが、コーディングを経験し、バイオインフォマティクスデータに触れておくこともできたので、スムーズにデータ解析を進められるかなと思っています。アメリエフで経験した部分については、学び直さずに研究に使えそうです!

             (左から、ゲノム医療事業部 堀口、インターン平井くん、取締役CTO 三澤)

インターンを考えている方へメッセージ  

堀口:インターンを考えている方へメッセージはありますか?

平井:コーディングに関して、初心者でも、そこそこできる人でも、チャレンジしてみたら面白いと思います。論文調査とか、解析手法の調査とか、ファイルの編集とか、いろいろな仕事があります。簡単でつまらない作業をするということはなくて、難しいことにもチャレンジできたことが大きな経験となりました。

堀口:僕は技術面でサポートしましたが、平井くんの上達に合わせて、依頼するコーディングのレベルを上げました。最終的には、製品に使えるようなコードもかけるようになって、ありがたかったです!
最初の頃のコードと比べて連続的にいろいろな処理を実行するプログラムを依頼した時も、自分で考えて質問してれる姿勢が頼もしいなと思いました。すごい短い間でいろいろなことを吸収してくれてうれしいです。

CTO三澤:平井くんは、海外からわざわざ日本のベンチャー企業に来て、大学で学んでいるバイオインフォマティクスを活かして仕事をしてみたい、というのがモチベーションだったと思います。実際にやってみて、「使わないと思っていたスキルが使えた」「これからも役に立ちそうな技術があった」と感じてもらえて、僕としてもうれしかったです。
平井君の場合は、世界のフィールドにいるので、日本の小さなベンチャー企業の中で学んだことも世界に通用するのかとか、世界と比べた時にどうなのかとか、そういう広い視野をもって励んでいってほしいと思います!
もしも卒業後、日本のベンチャーにいきたくなったら、是非僕のところにおいで!

平井:(笑)

アメリエフ株式会社's job postings
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