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マネージャーに聞いてみた、アメリエフのシステム開発の強みとは?

こんにちは、広報の山本です!

アメリエフには、データ解析やコンサルティングを担うライフサイエンス事業部と、システム開発を担うメディカルシステム事業部があります。

今回は、お客様からのご依頼のほか、自社製品開発や社内システムを担うメディカルシステム事業部マネージャー堀口さんに、アメリエフのシステム開発の強みについてインタビューしてみました。

システム開発の実績

山本:ここ最近の実績として、どのようなシステム開発がありましたか?

堀口:アメリエフのシステム開発は、大まかに分けると3パターンあります。

一つ目が、解析の自動化と、並列処理による高速化です。

具体的には、実験機器で測定した生体データに対して、ある処理を手作業で実行するとなると多数のコマンドラインを打つ必要があるのですが、集約して3つのコマンドで実行できるように自動化しました。また、この自動化に伴い、高速化を実現するために並列処理を導入しました。

堀口:二つ目のパターンとして、データベース構築があります。

たくさんの研究データを手元に持っていても、有効活用できていない場合があります。過去データも含めデータを登録してデータベース化することにより、複数の条件で検索可能となり、データを研究に活用することができるようになります。

データベースに関しては、ボタンクリックで操作できるGUI(Graphical User Interface)でも、コマンドラインで操作するCLI(Command Line Interface)も開発可能です。一見GUI操作は便利そうですが、よく話を伺ってみるとデータの保存形式などから勘案してGUIが向かない研究だという場合もあり、GUIをご希望されていても、CLIでの構築をオススメすることもあります。

堀口:三つ目のパターンは、解析パイプラインの開発です。お客様からどのような計算をしたい、という希望があれば、開発できます。

直近だと、統計解析のシステムを開発しました。あるソフトウェアが算出する、各条件・各試薬での蛍光強度の値からクラスタリングや多次元空間での統計量の比較を行うプログラムを開発しました。

このように、現在行っているデータ処理についての効率化、高速化からデータベースの構築や、個々の研究に合わせたNGS解析のパイプラインまで、様々なシステム開発に対応できるということです。

山本:ゲノムデータ以外のツールも作ることができるのは知らなかったです!

バイオデータを熟知していることによる強み

山本:お客様がアメリエフに開発を依頼すると、どのようなメリットがありますか?

堀口:バイオデータに詳しい社員が開発を行うため、データや解析の性質を考慮した提案ができることが、アメリエフの強みです。

例えば、先ほどの高速化や並列化にあたっては、お客様の実施されるデータ解析に合わせて、どの処理を高速化・並列化してもよいのか判断が必要になりますが、ここにバイオデータを長年取り扱ってきたアメリエフの強みが出ます。

山本:高速化・並列化してよいか、の判断はどのような基準なのですか?

堀口:高速化は難しい話になりそうなので、並列化だけ簡単に例え話をしますね。
例えば、ある一枚のお皿について「お皿を洗う ⇒ お皿をふく」という作業を行います。このとき、お皿を洗いながらふくのは不可能ですよね。でも、お皿Aとお皿Bに対して別の蛇口で別の人が「お皿を洗う ⇒ お皿をふく」という作業は同時にできるわけです。これはお皿Aとお皿Bが関係ないからできることです。こんな感じで、「お互いに関係ない(因果関係がない)作業」は同時に行う、つまり並列化できるわけです。

山本:お客様のご要望を聞きつつも、バイオデータに詳しいからできる提案をしているのですね。ありがとうございました。

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